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1931年，中国兽医生物药品的创始人程绍迥先生在江苏省南京市创立了国民政府中央畜牧实验所，该所是中国现代史上最早从事畜牧兽医科研和疫病防治的全国性机构。此为乾元浩南京生物药厂的前身。

1949年，乾元浩郑州生物药厂的前身——开封血清厂在河南开封市成立，1964年迁至郑州市，更名为农业部郑州兽医生物药品厂，后由于隶属关系变更而多次更名，2004年7月更名为乾元浩郑州生物药厂。

1958年11月8日，农业部委派中国农科院副院长陈绍迥院士和苏联口蹄疫专家斯维里多夫组成的专家组到云南考察后，决定在我国西南边境地区建立口蹄疫免疫隔离带，选址云南保山市组建成立了云南省保山疫苗厂，此为乾元浩保山生物药厂的前身。

2002年12月，乾元浩南京生物药厂（原中牧股份南京药械厂）在国内兽医生物制品行业率先通过GMP认证。

2004年3月21日，公司各股东在京召开发起人会议，中牧实业股份有限公司、中监所北京海淀中海动物保健科技公司、云南省保山疫苗厂、北京乐道兴创业投资有限公司和中国农业大学联合签署发行《发起人协议》，公司组建迈出关键一步。

2004年4月，乾元浩郑州生物药厂（原中牧股份郑州生物药厂）通过兽药GMP认证。

2004年4月12日，国家工商行政管理总局下发《企业名称预先核准通知书》核定的公司名称为乾元浩生物股份有限公司。

2004年6月1日 公司获得国务院国有资产监督管理委员会国资改革【2004】405号文件《关于设立乾元浩生物股份有限公司的批复》。

2004年6月4日 公司召开创立大会暨第一届股东大会，通过了关于设立乾元浩生物股份有限公司的决议，选举产生第一届董事会和监事会，同日召开了第一届董事会第一次会议，聘用了高管人员。

2004年6月，乾元浩北京生物药厂（原北京中海动物保健科技公司）生产车间通过兽药GMP认证。

2004年7月1日 公司获得国家工商行政管理总局颁发的企业法人营业执照，正式注册成立。

2004年8月4日 公司获得北京市科学技术委员会颁发的高新技术企业认定证书。